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因为后期主要的研究方向是医学图像处理,而现有手头的大部分数据都是nii格式或者是hdr,img格式的数据,所以首先第一步我们需要解决图像的读写问题。
其实使用OpenCV也可以方便的进行图像读取,但是这里暂时只学习Nibabel这个库,后面有时间的话再研究OpenCV在python中的使用。
Nibabel的安装
可以通过pip进行安装
pip install nibabel
简单的图像读取和存储操作
import os import nibabel as nib # 读取图像 path='C:\Users\Darren\Desktop\example.nii.gz' img=nib.load(path) # 查看图像的长宽高 img.shape # 图像进行仿射变换 img.affine.shape # 保存图像 path_save='C:\Users\Darren\Desktop\example_save.nii.gz' img.to_filename(path_save) 或者 nib.save(img,path_save)
补充知识:使用SimpleITK读取NII格式三维图像注意事项
SimpleITK
Python中SimpleITK被广泛用于医学图像的处理任务中,功能非常强大,但是使用的时候还需注意,尤其在图像读取时一定要注意维度。
读取NII格式的图像
#读取并显示NII图像文件 from matplotlib import pyplot as plt import SimpleITK as sitk img_path = 'res.nii.gz' I = sitk.ReadImage(img_path) img = sitk.GetArrayFromImage(I) plt.imshow(img[1,...], cmap='gray', interpolation='bicubic') plt.xticks([]), plt.yticks([]) and Y axis plt.show()
上面的代码很简单,不多做解释,加入我们在最后加上
print(img.shape)
如果输出(300,200,120),其中分别表示该三维体数据在Z轴,Y轴,X轴上的尺寸,这和MATLAB以及ImageJ都有点不同,后续处理一定要注意。
以上这篇使用Nibabel库对nii格式图像的读写操作就是小编分享给大家的全部内容了,希望能给大家一个参考,也希望大家多多支持。
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稳了!魔兽国服回归的3条重磅消息!官宣时间再确认!
昨天有一位朋友在大神群里分享,自己亚服账号被封号之后居然弹出了国服的封号信息对话框。
这里面让他访问的是一个国服的战网网址,com.cn和后面的zh都非常明白地表明这就是国服战网。
而他在复制这个网址并且进行登录之后,确实是网易的网址,也就是我们熟悉的停服之后国服发布的暴雪游戏产品运营到期开放退款的说明。这是一件比较奇怪的事情,因为以前都没有出现这样的情况,现在突然提示跳转到国服战网的网址,是不是说明了简体中文客户端已经开始进行更新了呢?
更新日志
2024年12月24日
2024年12月24日
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