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我就废话不多说了,大家还是直接看代码吧~
# encoding=utf8 ''' 查看和显示nii文件 ''' import matplotlib matplotlib.use('TkAgg') from matplotlib import pylab as plt import nibabel as nib from nibabel import nifti1 from nibabel.viewers import OrthoSlicer3D example_filename = '../ADNI_nii/ADNI_002_S_0413_MR_MPR____N3__Scaled_2_Br_20081001114937668_S14782_I118675.nii' img = nib.load(example_filename) print (img) print (img.header['db_name']) #输出头信息 width,height,queue=img.dataobj.shape OrthoSlicer3D(img.dataobj).show() num = 1 for i in range(0,queue,10): img_arr = img.dataobj[:,:,i] plt.subplot(5,4,num) plt.imshow(img_arr,cmap='gray') num +=1 plt.show()
3D显示结果:
ADNI数据维度(256,256,170)分段显示:
补充知识:python nii图像扩充
我就废话不多说了,大家还是直接看代码吧~
import os import nibabel as nib import numpy as np import math src_us_folder = 'F:/src/ori' src_seg_folder = 'G:/src/seg' aug_us_folder = 'G:/aug/ori' aug_seg_folder = 'G:/aug/seg' img_n= 10 rotate_theta = np.array([0, math.pi/2]) # augmentation aug_cnt = 0 for k in range(img_n): src_us_file = os.path.join(src_us_folder, (str(k) + '.nii')) src_seg_file = os.path.join(src_seg_folder, (str(k) + '_seg.nii')) # load .nii files src_us_vol = nib.load(src_us_file) src_seg_vol = nib.load(src_seg_file) # volume data us_vol_data = src_us_vol.get_data() us_vol_data = (np.array(us_vol_data)).astype('uint8') seg_vol_data = src_seg_vol.get_data() seg_vol_data = (np.array(seg_vol_data)).astype('uint8') # get refer affine matrix ref_affine = src_us_vol.affine ############### flip volume ############### flip_us_vol = np.fliplr(us_vol_data) flip_seg_vol = np.fliplr(seg_vol_data) # construct new volumes new_us_vol = nib.Nifti1Image(flip_us_vol, ref_affine) new_seg_vol = nib.Nifti1Image(flip_seg_vol, ref_affine) # save aug_us_file = os.path.join(aug_us_folder, (str(aug_cnt) + '.nii')) aug_seg_file = os.path.join(aug_seg_folder, (str(aug_cnt) + '_seg.nii')) nib.save(new_us_vol, aug_us_file) nib.save(new_seg_vol, aug_seg_file) aug_cnt = aug_cnt + 1 ############### rotate volume ############### for t in range(len(rotate_theta)): print 'rotating %d theta of %d volume...' % (t, k) cos_gamma = np.cos(t) sin_gamma = np.sin(t) rot_affine = np.array([[1, 0, 0, 0], [0, cos_gamma, -sin_gamma, 0], [0, sin_gamma, cos_gamma, 0], [0, 0, 0, 1]]) new_affine = rot_affine.dot(ref_affine) # construct new volumes new_us_vol = nib.Nifti1Image(us_vol_data, new_affine) new_seg_vol = nib.Nifti1Image(seg_vol_data, new_affine) # save aug_us_file = os.path.join(aug_us_folder, (str(aug_cnt) + '.nii')) aug_seg_file = os.path.join(aug_seg_folder, (str(aug_cnt) + '_seg.nii')) nib.save(new_us_vol, aug_us_file) nib.save(new_seg_vol, aug_seg_file) aug_cnt = aug_cnt + 1
以上这篇python 读取.nii格式图像实例就是小编分享给大家的全部内容了,希望能给大家一个参考,也希望大家多多支持。
标签:
python,.nii格式,图像
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稳了!魔兽国服回归的3条重磅消息!官宣时间再确认!
昨天有一位朋友在大神群里分享,自己亚服账号被封号之后居然弹出了国服的封号信息对话框。
这里面让他访问的是一个国服的战网网址,com.cn和后面的zh都非常明白地表明这就是国服战网。
而他在复制这个网址并且进行登录之后,确实是网易的网址,也就是我们熟悉的停服之后国服发布的暴雪游戏产品运营到期开放退款的说明。这是一件比较奇怪的事情,因为以前都没有出现这样的情况,现在突然提示跳转到国服战网的网址,是不是说明了简体中文客户端已经开始进行更新了呢?
更新日志
2024年12月24日
2024年12月24日
- 小骆驼-《草原狼2(蓝光CD)》[原抓WAV+CUE]
- 群星《欢迎来到我身边 电影原声专辑》[320K/MP3][105.02MB]
- 群星《欢迎来到我身边 电影原声专辑》[FLAC/分轨][480.9MB]
- 雷婷《梦里蓝天HQⅡ》 2023头版限量编号低速原抓[WAV+CUE][463M]
- 群星《2024好听新歌42》AI调整音效【WAV分轨】
- 王思雨-《思念陪着鸿雁飞》WAV
- 王思雨《喜马拉雅HQ》头版限量编号[WAV+CUE]
- 李健《无时无刻》[WAV+CUE][590M]
- 陈奕迅《酝酿》[WAV分轨][502M]
- 卓依婷《化蝶》2CD[WAV+CUE][1.1G]
- 群星《吉他王(黑胶CD)》[WAV+CUE]
- 齐秦《穿乐(穿越)》[WAV+CUE]
- 发烧珍品《数位CD音响测试-动向效果(九)》【WAV+CUE】
- 邝美云《邝美云精装歌集》[DSF][1.6G]
- 吕方《爱一回伤一回》[WAV+CUE][454M]